Santa Sofía es probablemente la iglesia más antigua de Padua. Tiene planta basilical con interior románico-gótico y elementos bizantinos. Santa Sofía fue construida entre los siglos XI y XII, posiblemente sobre los restos de un templo pagano. La bóveda conserva una piedra de sacrificio y ruinas de cimientos romanos. La fachada principal de la iglesia está ligeramente inclinada debido al terreno blando. Miyamoto realizó una revisión por pares de la estructura y la iglesia fue renovada. Las estructuras de las columnas de piedra se reforzaron con alambres de acero.