Sainte-Sophie est probablement la plus ancienne église de Padoue. De plan basilical, elle présente un intérieur roman-gothique et des éléments byzantins. Construite entre le XIe et le XIIe siècle, peut-être sur les vestiges d'un temple païen, elle conserve dans sa voûte une pierre sacrificielle et des ruines de fondations romaines. La façade principale est légèrement inclinée en raison de la nature meuble du sol. Miyamoto a réalisé une expertise de la structure, et l'église a été rénovée. La charpente des colonnes de pierre a été renforcée par des câbles d'acier.